1. Rektor adalah  pemimpin dan penanggung jawab utama Universitas yang bertanggung jawab kepada Yayasan.
2. Rektor mempunyai tugas memimpin penyelenggaraan Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian dan Pengabdian pada Masyarakat  serta  Civitas Akademika  termasuk  Pendidikan  dan  Pembinaan  jiwa juang, wirausaha yang islami  di lingkungan UNISKA serta hubungan dengan lingkungannya.
3. Rektor dalam melaksanakan tugasnya tersebut pada ayat 2 meminta persetujuan Senat Universitas.
4. Rektor Mengelola seluruh kekayaan Universitas secara optimal
5. Rektor Menyusun Rencana Strategis yang memuat sasaran dan tujuan Universitas yang hendak dicapai dalam jangka waktu 4 (empat) tahun.
6. Rektor mengajukan Rencana Anggaran Pendapatan dan Belanja UNISKA yang setelah disetujui oleh Senat Universitas diajukan  kepada Pengurus Yayasan untuk mendapatkan pengesahan
7. Rektor mempertanggungjawabkan  realisasi  Anggaran  Pendapatan dan Belanja seperti tersebut pada  ayat 4 kepada  Pengurus  Yayasan setelah disetujui oleh Senat Universitas
8. Rektor memelihara tata tertib Civitas Akademika
9. Rektor Membina  hubungan kerjasama dengan lingkungan Universitas, masyarakat, dan lembaga terkait baik dalam maupun luar negeri.
10. Rektor wajib mengevaluasi kinerja civitas UNISKA setiap tahun  sesuai dengan herarki yang ada.
11. Rektor wajib memenuhi segala permintaan keterangan yang diajukan PengurusYayasan, dan Pengurus Yayasan berhak mengajukan segala sesuatu pertanyaan atau hal–hal lain yang berkaitan dengan ayat 4 dan 5 pasal ini.